Con el objetivo de proporcionar un mejor servicio a las necesidades detectadas en materia formativa y de gestión relacionadas con determinadas áreas o colectivos se han ido creando, dentro de la estructura de FESAN, una serie de institutos encargados más directamente de su atención. Así, distinguimos:

• Instituto de nuevas tecnologías (INT): este instituto nace en julio de 2002 con el objetivo de formar profesionales expertos en el sector de las nuevas tecnologías para atender así la demanda de oportunidades registradas en el mercado laboral, así como para ofrecer una exhaustiva formación técnica en este mismo ámbito.
• Instituto Gallego de Atención al Mayor (IGAM): creado en 2003 dentro de la estructura de FESAN para satisfacer una serie de necesidades que se resumen en la prestación de servicios de antención especializada a la tercera edad con el objetivo de alcanzar el mayor nivel de bienestar posible de los mayores así como su autonomía e integración social.
• Instituto de Estudios Sociológicos (IES): este instituto se constituye con el objeto de estimular y fomentar el estudio y la discusión y de promover propuestas para una mejor comprensión de la realidad humana en todas sus dimensiones.
• Instituto de Formación Extraescolar de Galicia (IFEGA): creado para proporcionar servicios de formación y asesoramiento extraescolar a los centros formativos de la comunidad gallega.